哈尔滨医科大学不是“双一流”大学。双一流大学是指同时被认定为“世界一流大学和一流学科”的大学，而哈尔滨医科大学并未在此列。不过，哈尔滨医科大学是省部共建大学、黑龙江省高水平大学和优势特色学科建设高校，并在多个国家级项目中担任重要角色，如“中西部高校基础能力建设工程”、“卓越医生教育培养计划”试点高校等。根据软科中国大学排名，哈尔滨医科大学在全国的排名位于第77名，且在黑龙江地区医科类大学中排名第三。
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